En tant que lycée "mixte" dépendant à la fois du Ministère de l'Education Nationale et du Ministère de l'Agriculture et la Pêche, le Lycée de la Mer et du Littoral se doit de remplir, entre autres, les missions suivantes :

• Il participe à l'animation et au développement des territoires ;
• Il contribue à l'insertion scolaire, sociale et professionnelle des jeunes et à l'insertion sociale et professionnelle des adultes ;
• Il contribue aux activités de développement, d'expérimentation et de recherche appliquée.